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随想 - 我们要如何才能用技术来解决生物学问题

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我身边很多朋友评价我是一个「搞技术」的人,但我自己并不这样觉得,一方面我没有受过太多计算机(这里所指的「技术」),另一方面我也不是那么Geek

我觉得我理解的技术,可能更多的是一些偏工业化的东西,我理解的工业化的东西可能更多的是我知道一个已有的架构或者工具,我能马上落地把它呈现出来,我觉得这个过程很有意思,而且计算机的很多技术的好处是,你只要有一台电脑,你就能马上浮现

我大一的时候很痴迷于「建站」,简单来说就是WordPress那一套,当时还不咋会用Linux,用Windows Server装宝塔玩,然后慢慢接触Docker,Nginx等等,我之前很喜欢云服务,还自己想了一些有趣的架构,比如K3s组网做高可用,被DDoS了要如何转移等等

我喜欢的技术,是一些「所见即所得」、能带来实际的「感受」和「收益」的,是一种即时的情感反馈,我厌恶混乱和临时拼凑

我现在做的科研其实和我刚开始想的生物学完全不一样,我刚开始想做一些实验室科研,也就是大家印象中的,穿着白大褂,然后拿着移液枪,坐在超净台前

我现在做的是和虫子相关的,具体课题不说了,有点冷门的一个领域,我参加科研以来,除了教学大纲上的实验必修课,我从来没有跨入实验室半步过

我喜欢生物学,是因为我觉得生物很亲近,我觉得我有朝一日能做一些和自己息息相关的研究,说白了就是我想多了解我自己,这其实是很自私的想法,我向往亲自触碰生命的那种具身认知,这种亲切感来自于,我是不是有朝一日也能解开生命的密码

我没想过自己会做生物信息学相关的科研,我也不知道科研是这样的,我前两周还非常苦恼,我去问我导师:

那既然这样我本科选择继续学物理,或者学数学,然后硕士或者博士选择一个和生物学相关的方向,岂不是比本科学生物更好

我导师对我很好,虽然我们线下的交流可能不超过20句话,他是一个很年轻的老师,我有两个师姐,两个师姐都是在读博士,我刚开始以为学校的博士比较多,所以大家都是博士生带着做科研,后来发现我自己错了,大多数本科生都是本科生或者硕士生带,我说我要计算资源,先是组里面的云服务器给我,root权限给我,后来说要GPU,给我找了台双卡的A100,我师姐也对我很好,无微不至

在我高中的印象里面,我认为生物学家应该是对于至少某个大的领域无所不知的人,我高中的时候很喜欢免疫,期望有天能去武汉所做科研,但后来上了大学我才知道,大多数人都只是对自己的一个小小的领域比较了解,如果稍微换个方向,他也许就啥也不知道了,和我们一样了

大一的时候,物理系有一个实验室开放日,学校有一个教育部的平台,然后里面摆了一台很老的光刻机,那时候因为芯片的问题闹得很凶,然后我那时候胆子比较大,我就直接问系主任,我说老师你们做的这个东西到底有啥用,然后他先是笑,然后就说我们也不知道我们做这个到底能干啥,得靠你们来发现了

我讨厌现在的这种状态,因为我也不知道我在干嘛,我能做的东西到底能产生什么效益,做生科的科研让我感到有点烦躁,这和我理想相悖

我今天写申请书开始写的有点苦恼了,生科很多东西是脱节的,很多老师不在乎说你这个「技术」有多先进,比如说之前做后量子算法的,可能对于他们来说,能用就行,我今天下午还吐槽说服务器的系统还是CentOS 7,很多依赖都装不上了,他们只在乎说,你这个东西到底能不能给我解决生物学问题,对于技术的这个问题上,我觉得他们是很实用主义的

而且你写申请书,得先写你遇到了什么科学问题,然后为啥要这样解决,技术细节写得玄乎一点都行,但是「一定要讲一个完整的故事」

但是我有技术洁癖。。。我觉得说,这个代码的实现不优雅,我经常就觉得,明明这样做是最优的,为啥偏偏要那么干!!!很多做生信的老师连.gitignore都不会写,能用git的老师都算是少之又少了,用压缩包传代码是常态,conda环境不隔离也是常态,服务器跑算法经常是内存泄漏就让它泄,反正咱有2T的内存,到现在服务器空载内存都有300多G的占用,我也不知道是啥进程

我曾经和我妈开玩笑,我说我要做学生物里面最懂计算机的人,现在我觉得,我要用 「用优雅的技术解决有意义的生物学问题」,这也是我的梦想

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